Linux stosowany jest jako podstawowy system operacyjny serwerów (w tym WWW, FTP, pocztowych, baz danych), zapór sieciowych, routerów, a także w systemach osadzonych oraz w niektórych odtwarzaczach DVD i tunerach DVB.

Ze względu na powstanie i rozwój dystrybucji o łatwej instalacji i dużych zasobach oprogramowania, Linux znajduje również zastosowanie na rynku komputerów biurowych i domowych. Rządy kilku państw europejskich prowadzą wdrożenia Linuksa na komputerach administracji państwowej. Ponadto ze względu na bezpieczeństwo, stabilność, możliwość audytu i łatwość modyfikacji kodu źródłowego, z Linuksa korzystają agencje wywiadowcze, kontrwywiad i wojsko.

Linux wykorzystywany jest przez niektóre banki i instytucje finansowe. Przykładowo, system notowań Wall Street oparty jest na tym systemie operacyjnym, jak i również Londyńska Giełda.

Linux jest używany w większości superkomputerów z listy TOP500. Znalazł również zastosowanie w przemyśle filmowym – zarówno na serwerach, jak i stacjach roboczych. Jest najpopularniejszym systemem na komputerach wykorzystywanym do tworzenia animacji i efektów specjalnych. Z jego możliwości korzystają między innymi studia Dreamworks, Pixar czy Industrial Light & Magic.

Również aparatura medyczna, np. tomografy komputerowe firmy GE, korzysta z systemu operacyjnego Linux. Popularne punkty dostępu sygnału Wi-Fi również opierają się na uproszczonym jądrze Linuksa i procesorach ARM, coraz częściej pojawiają się też telefony komórkowe z tym systemem.

System Linux ma również zastosowanie w nawigacji GPS, np. firma TomTom opiera działanie swoich urządzeń na tym oprogramowaniu.

Wiele dekoderów telewizji satelitarnej i naziemnej działa pod kontrolą systemu Linux.